《使命召唤13：无限战争》总共包含约30个可操作关卡任务，涵盖了主线推进、间幕过渡及可选支线行动三大类。玩家扮演雷耶斯队长，驾驶战舰“惩罚者号”在太阳系展开对抗SDF组织的战役，整体流程规模在系列中属于中等偏上。
主线任务是故事的核心驱动力，数量在15个左右。从序章“威胁兴起”揭开战幕，经历“乌云蔽日”的地球保卫战、“港口装甲行动”的突袭、“燃烧之水”的资源争夺、“漆黑矿井”的潜入、“黑旗行动”的转折，最终以“血色风暴”的高潮太空战收尾。每个主线章节通常细分为2-4个具体战术目标，比如“港口装甲行动”就拆解成民用港突袭、货港渗透和登船小队强攻三个阶段，通过不同场景切换保持战斗节奏。
间幕关卡穿插在主线之间，集中在战舰“惩戒号”内部发生，共有5段关键剧情。它们承担着叙事缓冲与角色塑造的功能，例如“浩劫之后”呈现舰队受创的颓势，“职责所在”则强化指挥官的责任抉择。虽然操作比重偏低，但对理解战场全局和人物动机至关重要。
支线任务占总数三分之一以上，包含10项高自由度的“舰船突击”和“胡狼打击”行动。前者如“捕鼠行动”“凤凰行动”侧重舰内CQB清剿，后者像“安全港口”“灭迹行动”要求驾驶胡狼战机执行太空狗斗或精准轰炸。这些任务分散在星图中，允许玩家自主选择攻坚顺序，用于解锁武器蓝图或补充阵营背景，但跳过不影响主线通关。
支线设计强调玩法差异化。“舰船突击”多为封闭空间内的潜行与爆破，需应对盾牌机器人等特殊单位；而“胡狼打击”充分利用零重力环境，考验战机机动性与武器过热管理。部分任务如“失窃匕首”涉及数据窃取，需在时限内完成终端交互，为纯战斗关卡增添策略层次。